1.选拔人才的类型
强基计划主要是选拔“综合素质优秀或基础学科拔尖的学生”，且面对的是两类考生；而自主招生主要选拔“具有学科特长和创新潜质的学生”，面对一类考生。
2.招生专业的范围
强基计划是为了突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业招生；而自主招生并未限定高校招生专业范围。
3.入围校考的条件不同
强基计划是将考生的高考成绩从高到低排列，然后依次入围；极少数在相关学科领域有突出表现的学生，有关高校可制定破格入围高校考核的条件和办法，并提前向社会公布；而自主招生入围主要依据的是考生的申请材料。
4.录取方式不同
强基计划的总成绩是考生高考成绩（85%）、高校综合考核结果和综合素质评价的结合，然后将考生总成绩从高到底排列，按顺序录取，体现了对考生综合素质的考察；自主招生采取降分录取的方式，最低可降至一本线。
5.培养模式
被强基计划录取的学生单独编班，实行小班化、导师制，并探索本—硕—博衔接的培养模式，畅通学生成长发展通道，实现招生培养良性互动；而相关高校对自主招生录取的学生在培养方式上未作特殊安排。